Trường Trung học cơ sở Nguyễn Huệ được thành lập theo Quyết định số 3181/QĐ–UBND ngày 04 tháng 6 năm 2013 của Ủy ban nhân dân quận Tân Phú, Thành phố Hồ Chí Minh.
Năm học 2013 – 2014,là năm học đầu tiên của nhà trường, trong thời gian chờ xây trường, trường học tạm tại Nhà văn hóa phường Tân Sơn Nhì, quận Tân Phú (số 123, đường Nguyễn Thế Truyện, phường Tân Sơn Nhì, quận Tân Phú, Thành phố Hồ Chí Minh).
Từ năm học 2016 – 2017 đến nay, nhà trường chính thức hoạt động tại địa chỉ số 289, đường Thành Công, phường Tân Thành, quận Tân Phú, Thành phố Hồ Chí Minh với tổng diện tích 4713,5 m2, gồm 27 phòng học.
Nhà trường phấn đấu đạt được mục tiêu: chất lượng giáo dục được khẳng định là một trong những trường có chất lượng cao của quận Tân Phú. Nhà trường đạt tập thể lao động xuất sắc.
Hiện nay, nhà trường có 78 Cán bộ, giáo viên, nhân viên, trong đó có 03 CBQL, 64 giáo viên, 11 nhân viên. Tất cả đều đạt chuẩn và trên chuẩn. Trường có 34 lớp ở 4 khối với 1.509 học sinh.
Năm học 2024-2025, nhà trường tiếp tục phấn đấu hoàn thành nhiệm vụ năm học mà ngành đã đề ra "Kỷ cương, trách nhiệm, đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số nhằm nâng cao chất lượng giáo dục và đào tạo".